В России появилась Национальная база данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2, сообщили в Роспотребнадзоре. Разработал программу Центральный НИИ Эпидемиологии надзорного ведомства.
“До сих пор информация о мутациях (геномных последовательностях) вируса SARS-CoV-2 из России была разрозненной, что в условиях продолжающейся пандемии, безусловно, является тормозящим фактором в борьбе новой с коронавирусной инфекцией”, – говорится в сообщении на сайте Роспотребнадзора.
Отмечается, что платформу «VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia) Сервис RuStrain» разработали и запустили по распоряжению Правительства РФ. Информационный центр собираются использовать “для анализа эпидемической ситуации и отслеживания циркулирующих в стране геновариантов коронавируса”.
В платформу входит база данных «VGARus» и программное обеспечение с помощью которого проводится агрегация информации о геномах вирусов: её сортируют, характеризуют и анализируют данные.
В самой базе данных содержится информацию о нуклеотидных последовательностях вирусов SARS-CoV-2 и их мутациях, распространенных в тех или иных регионах России. Её используют для хранения, систематизации и выборки данных для выявления мутаций и определения штаммов вирусов.
“Программное обеспечение, интегрированное в платформу «VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia). Сервис RuStrain» позволяет анализировать результаты секвенирования, определять вероятный штамм вируса, формировать стандартизированные отчёты, загружать образцы, предназначенные для дальнейшего секвенирования”, – говорят в Роспотребнадзоре.
Сейчас все научные учреждения страны, которые изучают геном коронавируса и которые зарегистрировались на портале в качестве пользователей, могут выкладывать геномные последовательности в Национальную базу данных. Чтобы начать пользоваться информацией из базы данных, необходимо получить регистрационное удостоверение.
“Создание Национальной базы данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2 является важным шагом в борьбе с пандемией новой коронавирусной инфекции и огромным подспорьем для решения задач в практическом здравоохранении. Чем больше объем информации, которым владеют специалисты, тем более точные выводы они смогут сделать. Увеличение объема информации в базе данных позволит эффективно оценивать происходящие процессы, наблюдать за изменениями вируса, своевременно реагировать на них, делать объективные прогнозы развития эпидпроцесса”, – объясняют в надзорном ведомстве.
В дальнейшем эта платформа может быть использована для мониторинга за другими инфекциями.
Центральный НИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора приглашает присоединиться к проекту научные организации, которые изучают геномные последовательности вируса SARS-CoV-2, а также заинтересованы в развитии работ по генетическому анализу и анализу распространения этого вируса в нашей стране.
